内毒素的主要化学成分为脂多糖(LPS)，脂多糖由结构及生物学活性互不相同的三部分组成，即O-特异多糖链(O-specific pelysaccharide chain)、核心多糖(Coreoligosaccharide)、类脂A(lpidA)。有的学者将脂多糖的化学结构分为两大部分，即多糖(polysaccharide)和类脂A(Lipid A)，多糖部分又可进一步分为O-特异性多糖链及核心寡聚糖(图6)。

今天将介绍内毒素中脂多糖的O-特异多糖链(O-specific pelysaccharide chain)和核心寡聚糖。

1.O-特异多糖链

O-特异性多糖链是脂多糖分子中最易变异的成分，位于脂多糖的最外层。各种不同属产生的脂多糖具有不同的О-多糖成分，同一种属细菌产生的О-特异多糖链其组成成分亦可表现出异质性，不同菌种特异性多糖链上单糖的种类排列顺序和多糖链的空间构型不同，构成O-特异性多糖链上抗原决定簇的不同，该抗原决定簇是各菌种血清学特异性的结构基础，在细菌分类鉴定，菌苗制备，免疫机制研究等方面有重要意义。一般讲O-特异性多糖链是由数个至数十个(最高达40个)低聚糖、3~5个单糖(重复单位)集聚而成的多糖链。常见的单糖有戊糖、4-氨基戊糖、已糖、α-氨基已糖、6-脱氧已糖等，例如大肠杆菌糖的化学组成为3、6-二脱氧-L-半乳糖;沙门氏菌具有甘露糖–鼠李糖-半乳糖组成的三糖基本骨架。

脂多糖所含重复单位的数目越多，则脂多糖О-多糖链亦就越长，分子量亦越大。重复单位的数目及链的长度取决于细菌的种类。即使是同一种细菌提取得到的同一批脂多糖，亦表现出很显著的异质性(О-多糖链可从0到具有50个以上的重复单位不等)。某些细菌О-多糖链可由寡聚糖单位重复联结而组成较长的链(枸橼酸杆菌，耶尔森氏菌等)，有些细菌的О-多糖链则仅含有几个糖单位，或在某些情况下，O-多糖链完全缺乏，后者的脂多糖即为粗糙型-脂多糖(R-LPS)。

特异性多糖链决定脂多糖的O-特异性抗原性。革兰氏阴性细菌的О-抗原分类(血清学分类，亦即Kauffmann-White分类)即是根据这一结构进行的。目前已鉴定了100种以上脂多糖的O-特异性多糖链结构，包括许多从临床感染病人分离得到的阴性致病菌，并不断发现新的糖单位及某些特殊的糖类。

2.核心寡聚糖

与O-特异性多糖链相反，脂多糖核心成分的变异甚小，位于类脂A 的外层。进一步可将核心分为外核(outer core)和内核(inner core)两部分。前者的组成一般含已糖成分，如Glc，Gal，GlcN等。而后者含有Heptose一些自然界并不常见的糖成分，如L-甘油型-庚糖(L-glycero-Heo-tose，Hep)和2-酮-3脱氧-D-甘醇型–辛酮糖酸(2-keto-deoxy-D-manno-octonate，KDO)，庚糖及KDO是革兰氏阴性菌LPS所特有的多糖。同--属细菌的核心多糖相同，不同菌属之间的核心多糖各有差异，故有属特异性。