典型肠道细菌脂质A为1，4-二磷酸-β1，6连接糖胺二糖为骨架，以酰胺键和酯键连接着3-羟脂肪酸或3-酰基羧基残基。本结构不是所有革兰阴性菌共有的结构。尤其与大肠细菌种系发生遥远的家族如硫杆菌（bradyrhizobia），其上述结构不经常遇到。

最初认为衍生脂质A结构为“异常“脂质A型，现在改称为脂质A变异株。如硫杆菌、缓根瘤菌科、硝化菌属（N itrobacter）、布鲁杆菌属（Brucella）、着色菌属（Chramatim Perty），绿菌属（Chlorobium N ad son）等。不但在LPS的骨架结构上，而且在其替代物（substitution）上均存在明显变化。脂质A变异株存在过渡型（或转变型）形式，在类球红细菌族（Rhodobacter sphaeroides）中，只是部分酰胺连接3-羟脂肪酸被3-氧豆蔻酸（3-oxo-myristicacid）取代。色素菌属糖胺作为脂质A骨架多糖，但总是伴随小量2，3-二氨基-2，3-二脱氧-D-葡萄糖（2，3-Diamino-2，3-dideoxy-D-glucose，DAG）连接。

DAG仅存在于脂质A骨架糖。2，3-二胺-2，3-二脱氧已糖的糖醛酸衍生物被报道作为铜绿假单胞属的不同血清型的菌体抗原（somatic antigen）（O链）。

3-氧豆蔻酸：鳞利斯顿菌（L istonella angu illarum ）和类球红细菌族首先被报道有3-氧豆蔻酸的存在。现在，实际上所有革兰阴性菌的种系发生树的种类和菌株形成α-3支链均可观察到。

生物学效应最显著的内毒素为肠源性LPS，常常用肠源性LPS 作为标准，检验细胞的反应和进行治疗效果等的研究，其生物学活性部分脂质A 由β-1，6连接D-糖胺二糖，并附有6个饱和脂肪酸和两个带负电的磷酸根所组成。这些结构的排列发生变化，如电荷数目减少，脂酰基团的减少，脂酰链分布变化及脂酰饱和程度均可以导致其生物学活性的下降。说明内毒素的一级结构的变化势必会影响其物理化学作用。Seydel等证实，内毒素中LPS的立体结构与其生物学的效应密切相关。不同的立体结构可以发生不同的效应，一般来说，锥体型的空间结构往往引出细胞的激活效应，而圆柱形的空间结构的LPS 往往是内毒素的拮抗剂，抑制细胞的活化。