内毒素的活性部位为类脂A，它可以介导几乎所有的内毒素生物学反应。类脂A为一种特殊类型的磷脂，它通过核心的KDO成分而与内毒素的多糖部分结合。应用温和酸控制水解可将类脂A从内毒素分子中裂解出来，此称为游离类脂A（free lipid A），而存在于完整LPS中的类脂A称为结合类脂A（bound lipid A），游离类脂A在自然界中是不存在的。

类脂A的骨架是由一个β1’-6-糖苷键相联的D-氨基葡萄糖双糖单位所组成，骨架还原端的C₁位及非还原端的C₄’位均有磷酸基团所取代。骨架的羟基及氨基可由羟基脂肪酸或脂肪酰脂肪酸所取代。许多不同种属的细菌甚至在分类学上相差甚远的细菌，均具有基本一致的类脂A骨架，它们间的主要差别则是在骨架上取代脂肪酸碳原子数目或/和磷酸基团的取代不尽一致。随着细菌的进化，其所合成的类脂A结构愈为复杂，故而研究类脂A结构对于了解细菌的进化具有重要的意义。许多不同种属细菌所产生的类脂A具有较好的血清学反应性。类脂A为一种半抗原，但如与载体结合（复合抗原）则可诱导高滴度抗体的产生。

由于分析与合成化学家的密切合作，肠道菌（如沙门氏菌及大肠杆菌）的类脂A已进行了全分子化学合成。化学合成的类脂A与天然类脂A在许多生物学系统中均能发挥一致的生物学反应。随着其它类脂A及其众多衍生物或同类物的化学合成，目前已有可能从分子/细胞水平上研究类脂A结构与功能的关系。