虽然内毒素血症时补体被明显激活可导致致命的结果，但在内毒素休克的病理生理过程中，补体依然发挥着保护作用。补体成分C3或C4缺陷的小鼠对内毒素的敏感性增高，但清除内毒素的能力降低，所以完整的补体系统有助于机体清除内毒素，保护机体免于陷入内毒素休克。C3和C4缺陷小鼠清除循环中内毒素能力的下降，最终导致内毒素休克和死亡。反过来长时间的内毒素血症可消耗C1-in（前述C1-in是一种补体调节因子，是补体和血凝级联反应的蛋白酶抑制剂），而补充外源性C1-in则可挽救这种补体缺陷小鼠的内毒素血症，提示C1-in对内毒素血症有奇特的治疗效果。

此外，补体在免疫防御机制中也起着重要作用，如在腹膜炎时，腹膜通过激活细胞和体液免疫防御机制局部防御细菌入侵，而补体激活途径的终产物C5b~9以及趋化因子C3a、C5a和C5～7在这种防御机制中起关键作用，它可通过TCC溶破靶细胞从而将入侵的细菌清除。同时，入侵细菌含有的内毒素激发免疫防御机制可促使巨噬细胞产生细胞因子和促使补体激活，结果促使粒细胞从血管间隙移至腹膜腔，从而参与腹膜腔局部的杀菌作用。

许多关于内毒素血症，败血症休克以及其他疾病与补体激活关系的研究中均提示内毒素可引起补体激活，释放过敏毒素和末端C5b～9补体复合物。败血症休克和死于循环衰竭的患者入院时虽已有明显的补体激活，但如果通过测定各种补体成分来预测是否发展为ARDS或MOF则是不可能的。

临床实验提示，补体激活及其激活产物如C5a在败血症相关的脏器衰竭和死亡中起重要作用。但目前尚缺乏灵长目动物的实验，因此不能完全证明补体系统在败血症相关脏器衰竭中的最重要地位。因关于补体的作用目前尚无最后的结论，故在败血症休克患者中，目前亦无针对补体激活的特殊治疗。所以，目前在内毒素休克中最重要的治疗是去除能激活补体的感染原，如应用足够的抗生素治疗及脓肿外科引流治疗﹐从而减少补体的激活，使循环中的过敏毒素和末端C5b~9补体复合物水平下降。皮质激素治疗并不能改善预后。

目前动物实验已发现抗C5a抗体可抑制中性粒细胞趋化因子，保护E.coli引起的动物ARDS和败血症休克。体外实验显示，抗B因子单克隆抗体可阻断补体激活，从而保护内毒素休克。但这些作用尚需进一步研究。