天然BPI对各种光滑型革兰阴性菌外膜LPS的亲和力有很大差异，而对各种纯化的游离LPS的亲和力则基本相同。这表明细菌外膜上LPS分子的表型与游离LPS分子存在差异。前者通过脂质A区结合的长链脂肪酸﹐借疏水键与细菌外膜脂质双分子层的外侧紧密相连，因此位于菌体表面LPS最外层的长链特异性多糖可通过空间位阻作用，不同程度地干扰BPI及其rBPI23对LPS内核心和深部脂质A区的结合。鉴于各种革兰阴性菌LPS内核心和脂质A区的结构基本相同，所以上述两种抗菌蛋白对各种游离LPS的亲和力基本相同。

这表明细菌外膜上LPS分子的表型构象与游离LPS分子有显著差异。前者通过脂质A区结合的长链脂肪酸，借助疏水键与细菌外膜脂质双层的外侧紧密相连，因此位于菌体表面LPS最外层的长链特异性多糖可以通过空间位阻作用，不同程度地阻碍BPI及rBPI₂₃对LPS内核和深部脂质A区的结合。当细菌LPS从外膜脱落后，长链特异性多糖的空间位阻效应消失，原来靠近外膜脂质双层的内核和脂质A区得以暴露，因此 BPI及rBPI₂₃可以不受任何阻碍而直接与之结合。

以宿主BPI作为保护剂，促使LPS形成LPS 聚集体，通过内化活动转运到溶酶体内，在多种酶参与下将其降解，从而达到内毒素的解毒和清除效果，对于治疗内毒素血症具有重要意义。美国已经完成BPI的二期实验，效果确切，目前正在进行BPI三期临床试验，有可能成为一种有效的内毒素治疗手段，我们拭目以待。

BPI属于宿主防御反应中的阳离子肽之一，利用其带正电荷与LPS的带负电荷的特点，可促使LPS间形成复合物，阻止LPS进行信号转导，这样即抑制了LPS的生物学效应。其实宿主中阳离子肽种类繁多，其氨基酸多半少于100个，典型的少于35个氨基酸，带净正电荷，通常为4个以上，这是因为存在过量的赖氨酸和精氨酸的缘故。阳离子肽能与抗生素发挥协同作用，具有显著抗内毒素作用。但因为许多阳离子肽对机体具有明显的毒性，因而限制了开发利用。