内毒素进入机体后，99%很快被清除。内毒素在体内、体外均可引发免疫反应，使单核-巨噬细胞等细胞释出细胞因子，发挥内毒素的生物学作用，其中涉及诱导细胞死亡，包括细胞凋亡和细胞坏死。

机体内细胞死亡通常可分为两类：一类是细胞的坏死，物理性、化学性、生物性等损害因子以及缺氧与营养不良等因素均可以导致细胞坏死。坏死细胞的细胞膜通透性增高，致使细胞肿胀，细胞器变形或肿大，细胞结构全面溶解、破坏。早期细胞核无明显形态学变化，最后细胞溶解破裂，溶酶体酶外漏，并常常引起炎症反应；在炎性愈合过程中常伴随组织器官的纤维化，形成瘢痕。

另一类为细胞凋亡，又称为程序性细胞死亡（programmedcell death，PCD），是由宿主内基因调控的主动而有序的进行性的细胞自我消亡过程，凋亡是通过细胞内固有的生理、生化反应或某种酶的活化导致细胞的死亡，因而具有生理性和选择性。细胞凋亡过程不出现溶酶体及胞膜中内涵物外泄，故不引起炎症反应。凋亡的细胞散在于正常组织细胞中，无炎症反应，不留瘢痕。死亡的细胞碎片很快被巨噬细胞或邻近细胞清除，不影响其他细胞的正常功能。严格来说，程序性细胞死亡与凋亡之间是有区别的，凋亡是形态学概念（如染色体边集以及DNA梯状条带等）；而程序性死亡是功能性概念（不一定存在上述形态学变化），一般情况下两者可以混用。

“凋亡”一词由病理学者Curries等于1972年编撰出来，该词来源于一古希腊语，当时用来描述一种不同于细胞坏死的细胞死亡形态学特征。凋亡的原词apoptosis是由两个拉丁语组成，apo意指离开、分离，ptosis意指落下，类似于花瓣或树叶的脱落，因此细胞凋亡的原意是细胞凋亡时的形态类似花瓣或树叶的凋落﹐犹如秋天的落叶，它生长发育到一定阶段，就会失去生命力，从而脱落。凋亡是细胞死亡的一种主要形式，也可理解为细胞的主动“自杀"行为。它是一个与细胞增殖、分化一样的主动的细胞学过程，因此也可以将细胞凋亡看做一种特殊类型的细胞终末分化过程，是多细胞有机体为调控机体发育、维护内环境稳定而由基因控制的细胞主动死亡过程。