在纯化的最后阶段，目标是蛋白质的浓度为克每升水平，同时内毒素的浓度为微克每升左右，这种情况常常会类似于大海捞针一样的劳而无获。

检测这些低浓度的内毒素也是一个问题，往往很难在纳克每升水平应用一般的常规方法直接检测出来。据许多尚未正式报道的资料表明，许多检测到的成分起先被认为是致热性的新物质，后来证实这些物质的致热活性的来源并不是这种物质本身而是内毒素。这是由于检测技术的不敏感所造成的，所以要完全清除内毒素显然是不可能的。

用来检测内毒素的生化试验有兔试验、鲎试验，鸡胚致死性试验和半乳糖氨预处理小鼠致死性试验等。其中，鲎试验(LAL)是最为敏感和经济的一种检测方法。LAL试验由Renrson于1985年创立，其原理是利用一种称为鲎的海洋节肢动物的血凝集系统。运用这种方法在体外可检测出0.02EU/ml水平的内毒素。虽然LAL试验被认为是检测内毒素的敏感而可靠的方法，但是许多物质也会干扰凝聚过程而导致假阳性或假阴性结果。这些干扰通常与样品的浓度有关，如果将所检测的样品溶解可以避免干扰，但是这样又会降低试验的敏感性。当然，有的时候对于一些复杂的液体如血液、阳离子蛋白质溶液和脂质体包被的内毒素等检测也会偶尔失效。因此，寻找一种可行的、敏感的生化试验需要进一步的研究，全血刺激试验是新近发展起来的一种检测内毒素的试验﹐目前尚在德国进行有关方面的验证。