避免任何微生物污染及其内毒素释放的最有效而安全的方法是在生产和运输过程中保持绝对的无菌。如果采用某种去污染措施，必须保证得到足够的终产物。Anspach等积累多年的经验总结出，从含蛋白质溶液和不含蛋白质的溶液中去除内毒素是有很大区别的。对于不含蛋白质的溶液，可采用那些利用内毒素与水、盐和其他一些小分子物质的分子大小不同来去除内毒素的方法。下面介绍选择性清除内毒素的方法之超滤法。

凝胶过滤色谱法能从无蛋白质的溶液中去除80%以上的内毒素活性。

超滤类似于血透，是用一种相对分子质量大约为10000的膜，通常所用的水是超纯水，整个操作系统使用的仪器均为没有内毒素污染的无菌设备。另外，在这种条件下内毒素主要以聚集物的形式存在，所以更加安全可靠。但是需要注意的是，虽然这是一个缓慢的过程，然在温度较高（～100℃）或酸性环境下（pH3.5～4.5）时，部分内毒素分子被分解，从而使内毒素分子的实际毒性部分脂质A（相对分子质量2000~4000）大量释放出来，给内毒素的去除带来麻烦。

超滤法也可将内毒素从相对分子质量小的产物溶液中去除，如葡萄糖、盐、许多化学物和不能透过射线的物质以及大多数抗生素等。相对分子质量为10000的膜也可用于此，产物通过膜弥散的同时内毒素却被膜扣留。为了使蛋白质产物也能顺利弥散出来，膜的孔径必须大于相对分子质量100000的蛋白质的直径。在蛋白质存在的情况下，内毒素聚合物分离而成为较小的单体，正如在EDTA或胆酸存在的情况下一样，内毒素单体和蛋白质在大小上相接近，两者均能通过超滤膜。

1998年，Li和Luo找到了一个提高蛋白质分离度的方法，他们在含85mmol/L血红蛋白和5mol/ml内毒素的溶液中加入45mmol/L的Ca²⁺以改变内毒素溶液的结构，使之成为大的聚合体从而减少内毒素量至6ng/L。用相对分子质量为300000的超滤膜可以使血红蛋白透过。但是这种方法对于那些溶解度受高Ca²⁺浓度影响小的蛋白质来说，使用价值有限。