核心多糖位于Lipid A的外层，由己糖（葡萄糖、半乳糖等）、庚糖（Hep）、2-酮基-3-脱氧辛酸（KDO）和磷酸乙醇胺等组成，经KDO与Lipid A共价连接。一般在革兰阴性杆菌LPS的核心多糖中，KDO和庚糖是特定成分，但有少数细菌除外，如黄单胞杆菌和绿脓杆菌缺少庚糖。

核心多糖具有属特异性，同一属细菌的核心多糖相同，而不同菌属如沙门菌属﹑埃希菌属和志贺菌属虽然相似但其核心多糖截然不同。相对于O-抗原分子构成的易变性而言，核心多糖则较为恒定。

核心多糖可分为与 Lipid A 连接的内核区和与О-抗原连接的外核区两部分（图2-3）。

（一）内核

内核与Lipid A相连，由L-甘油-D-甘露庚糖和KDO组成，此外还含有磷酸或硫酸基团和乙醇胺。在革兰阴性菌LPS的核心多糖中，KDO和庚糖是特定的成分，其结构式见图2-4。KDO是一个具有多种功能的酸性8碳糖，是LPS构成中独特和恒定的组分，因而可以作为LPS的重要标志。目前可以肯定，不管来源于何种细菌，LPS至少含有一个以吡喃糖或呋喃糖形式存在的KDO残基（或KDO的衍生物），KDO是所有LPS组成中的一个必需成分。并且KDO起连接多糖与Lipid A间“桥梁”的作用。

KDO还原末端残基和Lipid A之间，依靠Lipid A骨架上氨基葡萄糖的6'或4'位与KDO的α-吡喃糖2'位以α-糖苷键结合。此键在弱酸条件下（如： 1%乙酸中，100℃，1.5～2h）可发生断裂。

过碘酸可氧化KDO生成β-甲酰丙酮酸，β-甲酰丙酮酸与硫巴比妥酸盐反应，产生最大吸收波长为549nm的有色基团，使反应液呈现红色。通过比色分析，可定量测定KDO的含量，并可用于LPS的检测，但此法检测LPS的特异性较鲎试验低，因而未能被广泛应用。

（二）外核

外核由三个己糖骨架组成，通过酮糖键与О-抗原相连。其侧链可含有不同的己糖或氨基己糖，如葡萄糖、半乳糖和N-乙酰氨基葡萄糖双糖等。