从20世纪30年代至今，根据内毒素的理化性质而设计的分离、鉴定内毒素的技术方法主要有下述几种：

（一）三氯醋酸法

Boivin和Messrobeanu于1935年，将活菌或经冷冻干燥的大肠杆菌，在4℃条件下与0.25N的三氯醋酸共同振荡或剧烈搅拌，将细菌细胞裂解，使LPS分子从破溃的细胞外膜上游离出来。离心后取上清液经浓缩后，加2倍体积的冷冻乙醇，将生成的沉淀物溶解、浓缩后冷冻干燥，即得到LPS干粉。此法提取的LPS含有10%左右的菌体蛋白，这些蛋白质可影响LPS的理化性质和生物学活性。

（二）酚-水法

wesphal和luederitz于1952年为分离含蛋白质较低的LPS而建立的方法，以后被广泛应用于水溶性S-LPS的提取。具体过程为：在细菌的水溶液中，加入等量90%的酚将细胞裂解，使内毒素分子从破溃的细胞外膜上游离出来。68℃，振荡10～15min后，冷却、离心，收集富含LPS的水相，并反复用水萃取3～5次，然后将水相浓缩、冷冻于燥，得到粗提的LPS，将粗制品溶解于水，高速离心（100000g，2～3h），得到颗粒状LPS后再溶于水中冷冻干燥。此法提取的LPS纯度较高，蛋白质含量为1%~3%。

（三）酚-氯仿-石油醚法

由Galanos设计的提取R-LPS的方法。预先经乙醇、丙酮、乙醚脱脂后的干燥菌，用90%苯酚﹑氯仿及石油醚按2∶5∶8所组成的混合提取液提取2～3次，取酚相，得到LPS和孔蛋白（porin）提取液，用减压法去除溶媒，加水形成沉淀，并洗涤3～5次，然后再用80%苯酚复溶，减压干燥，得到的LPS粗制品溶于水，超速离心取沉淀，即得到LPS纯品。此法纯化得到的LPS，不含核酸和多聚糖，蛋白质含量可控制在1%以下。

（四）水-丁醇法

由Morrison等于1975年设计。水-丁醇法较酚法简便，温和，适用于提取大肠杆菌和沙门菌的LPS；所得制品含蛋白量约1%。但此方法仍存在一些不足，由于丁醇不能灭活制品中酶类，导致在制备过程和储存时，Lipid A常发生降解。